Strony: [1]
  Drukuj  
Autor Wątek: Potrzebna osoba do analizy sekwencji pod kątem regulacji transkrypcji  (Przeczytany 3030 razy)
Tomisus
Newbie
*
Wiadomości: 4


Zobacz profil
« : Października 31, 2012, 02:28:46 »

 Witam forumowiczów,
 Mamy z kolegą prawie skończoną publikację naukową Spoko dotyczącą regulacji ekspresji pewnego genu i jego promotora transkrypcji.
 Między innymi zrobiona jest:
       - analiza ekspresji genu reporterowego lucyferazy z 14 plazmidów zawierających wklonowane różne sekwencje delecyjne    promotora
       - analiza zmian ekspresji po wyciszeniu pewnego czynnika transkrypcyjnego przez siRNA
       - Immonoprecypitacja chromatyny w celu potwierdzenia wiązanie tegoż czynnika

To wszystko jest zrobione Mrugnięcie. Teraz do publikacji potrzeba nam już tylko "bioinformatycznej wisienki na torcie" Mrugnięcie. Jesteśmy biologami i na bioinformatyce znamy się pobieżnie -   opracowanie wyników zajmuje nam za dużo czasu i nerwów:)

 W związku z tym poszukujemy osoby, która w zamian za współautorstwo w publikacji podejmie się zrobienia kilku prostych analiz, które wprawnej osobie zajmą jeden/dwa dni  ..Uśmiech 

  1. Analiza i opracowanie wyników przeszukiwania potencjalnej sekwencji promotorowej w poszukiwaniu motywów wiążących czynniki transkrypcyjne i motywów rdzeniowych promotora (core promoter elements).
          - Potrzebna znajomość baz danych TRANSFAC i JASPAR oraz pojęcie o wyszukiwaniu motywów wiązania białek w DNA, macierzach do motywów(position weight matrix)

 2. Phylogenetic footprinting - uliniowienie promotorów ortologicznych z kilku gatunków i/lub  krótkie aligmenty dla wybranych konserwowanych motywów z przeprowadzonej wcześniej analizy pojedynczych sekwencji

3. Pomoc w opracowaniu wyników i dyskusji pod kątem uzyskanych już przez nas wyników eksperymentalnych.

4. Napisanie "materiałów i metod" do analiz

5. Dodatkowe analizy do ewentualnego przedyskutowania

(Część wyników bioinformatycznych już jest ale nie są dobrze opracowane i zrobione "na czuja" przez nas "prostych biologów")

Jeżeli ktoś byłby zainteresowany piszcie proszę:
t.stepkowski@ichtj.waw.pl








 
 
 
Zapisane
gosiak
Hero Member
*****
Wiadomości: 737


8896443 gosia_habich
Zobacz profil Email
« Odpowiedz #1 : Listopada 01, 2012, 12:34:54 »

W jakim języku będzie publikacja?
Zapisane

Tomisus
Newbie
*
Wiadomości: 4


Zobacz profil
« Odpowiedz #2 : Listopada 02, 2012, 12:28:58 »

  Publikacja po angielsku rzecz jasna:)  Uderzamy w czasopisma z impaktem między 3-5, myślę, że powinno się udać.
Zapisane
Tomisus
Newbie
*
Wiadomości: 4


Zobacz profil
« Odpowiedz #3 : Listopada 06, 2012, 12:42:09 »

Brak chętnych? Robota nie jest skomplikowana, a możecie mieć publikację, która z pewnością zaowocuje w przyszłej pracy i da większe możliwości rozwoju! Ofertę przedstawiam tu na zasadzie naukowo-koleżeńskiej i wszystko można z nami na luzie przedyskutować bez większych zobowiązań, jeżeli ktoś nie jest pewny czego oczekujemy albo czy ma czas/da radę itp.....

 Pozdrawiam 

Zapisane
gosiak
Hero Member
*****
Wiadomości: 737


8896443 gosia_habich
Zobacz profil Email
« Odpowiedz #4 : Listopada 06, 2012, 02:54:56 »

a kiedy jest deadline skończenia projektu?
Zapisane

Tomisus
Newbie
*
Wiadomości: 4


Zobacz profil
« Odpowiedz #5 : Listopada 06, 2012, 05:06:06 »

  Nie ma pośpiechu - powiedzmy przed świętami Bożego Narodzenia .
Zapisane
Strony: [1]
  Drukuj  
 
Skocz do:  


SimplePortal 2.3.1 © 2008-2009, SimplePortal