Strony: [1]
  Drukuj  
Autor Wątek: Pomoc z bioinfo.  (Przeczytany 3830 razy)
annasz99
Gość
« : Listopada 06, 2010, 01:47:26 »

Hej Mrugnięcie Nie studiuję bioinfo, ale mam taki przedmiot z baaardzo wymagającym dr. Potrzebuję pomocy od kogoś kto zna się na tworzeniu zapytań w SRS, a konkretniej zapytań podrzędnie złożonych Niezdecydowany Jeśli przeczyta to jakaś życzliwa i pomocna osóbka to plisss o kontakt gg: 12334358 Z politowaniem
Zapisane
Antek
Student
Sr. Member
****
Wiadomości: 254



Zobacz profil
« Odpowiedz #1 : Listopada 06, 2010, 02:52:30 »

Zarzuć jakieś przykładowe zadanie, może coś ktoś wykmini.
Zapisane
annasz99
Gość
« Odpowiedz #2 : Listopada 06, 2010, 03:57:21 »

Zadanie o treści:
Proszę ustalić listę enzymów występujących zarówno u bakterii jak i organizmów eukariotycznych, których struktura przestrzenna nie jest znana.
 Zadanie byłoby bardzo proste gdyby baza danych ENZYME gromadząca informacje o wszystkich znanych enzymach zawierała informacje o organizmach, w jakich występują odpowiednie enzymy. Ponieważ takiej informacji nie ma, rozwiązanie zadania sprowadza się do wykonania serii wyszukiwań: (1) ustalić listę sekwencji białek bakteryjnych w bazie danych UniProt, (2) ustalić listę sekwencji białek występujących w organizmach eukariotycznych z bazy danych UniProt, (3) ustalić, które z wyszukanych białek są enzymami, tj. jakim rekordom bazy danych ENZYME odpowiadają wyszukane w p-cie 1 i 2 sekwencje białek, (4) ustalić, które enzymy występują zarówno u bakterii jak i u organizmów eukariotycznych, (5) ustalić, dla których z tych enzymów nie jest znana struktura przestrzenna (wykorzystać w tym celu powiązania między bazą danych ENZYME oraz PDB). Rozwiązanie zadania polega na podaniu liczby enzymów oraz zaprezentowaniu listy wyszukanych enzymów. Z politowaniem
Zapisane
Miroo
Student
Full Member
***
Wiadomości: 140

1254218 mirobanan1
Zobacz profil Email
« Odpowiedz #3 : Listopada 06, 2010, 08:59:33 »

Hmm mi wyszło tak: z 26 (po punkcie 4) zostało mi 24 (po punkcie 5) i oto ich lista:

  ENZYME:1.1.1.85
  ENZYME:1.2.1.3
  ENZYME:1.2.1.12
  ENZYME:1.2.1.13
  ENZYME:1.9.3.1
  ENZYME:1.15.1.1
  ENZYME:2.2.1.6
  ENZYME:2.3.3.1
  ENZYME:2.4.2.29
  ENZYME:2.7.3.9
  ENZYME:2.7.7.7
  ENZYME:2.7.11.1
  ENZYME:3.1.4.14
  ENZYME:3.1.6.1
  ENZYME:3.2.1.20
  ENZYME:3.6.1.1
  ENZYME:4.1.1.17
  ENZYME:4.1.1.18
  ENZYME:4.2.1.33
  ENZYME:6.1.1.5
  ENZYME:6.1.1.15
  ENZYME:6.2.1.5
  ENZYME:6.3.1.2
  ENZYME:6.3.5.3

Ostrzegam: nie jestem pewien czy to jest poprawne rozwiązanie, dawno już nie szukałem pod SRS, Uniprot, PDB itp.
Zapisane

miro
annasz99
Gość
« Odpowiedz #4 : Listopada 06, 2010, 09:10:33 »

Hmmm... wielki szacun i dzięki:-* Ale czy mógłbyś mi jeszcze napisać te wszystkie etapy ("zapytania") jak do tego doszedłeś?
Zapisane
annasz99
Gość
« Odpowiedz #5 : Listopada 08, 2010, 03:43:43 »

Kurcze no... nikomu się nie chce tego rozwiązać czy to po prostu takie trudne jest?
Zapisane
Miroo
Student
Full Member
***
Wiadomości: 140

1254218 mirobanan1
Zobacz profil Email
« Odpowiedz #6 : Listopada 08, 2010, 07:40:13 »

Zadanie nie wydaje się i raczej nie jest trudne i tak, jesteśmy strasznie leniwi.
Za pierwszym razem poszedłem trochę na skróty, poza tym podałem akurat listę tych które mają znaną strukturę, zamiast listę tych które mają nieznaną strukturę, tym razem trzymałem się dokładnie podanego opisu.

1. Zakładka Library Page -> wybierasz UniProtKB
2. Zakładka Query Form -> wybierasz Taxonmy i wpisujesz Bacteria (łaciny nie

przyjmuje o dziwo).
3. Zakładka Query Form-> wybierasz AllText i wpisujesz Eukaryote
4. Zakładka Results -> Zaznaczasz Q1 i naciskasz LINK, po czym wybierasz w Enzymes,

reactions and metabolic pathway databases  bazę ENZYME
5. Zakładka Results -> Zaznaczasz Q2 i naciskasz LINK, po czym wybierasz w Enzymes,

reactions and metabolic pathway databases  bazę ENZYME
6. Zakładka Results -> zaznaczasz Q3 oraz Q4 i dajesz Combine.
7. Zakładka Results -> zaznaczasz Q5 i naciskasz LINK, po czym wybierasz w Protein
function, structure and interaction databases  bazę PDB, oraz zaznaczasz opcję
Show only results without related entries.

No i tym razem wyszło mi 18 Enzymów wyniki:

  ENZYME:1.1.5.3
  ENZYME:1.2.1.72
  ENZYME:1.14.13.81
  ENZYME:2.3.1.20
  ENZYME:2.3.2.8
  ENZYME:2.4.1.34
  ENZYME:2.5.1.75
  ENZYME:2.7.7.41
  ENZYME:2.7.8.17
  ENZYME:2.8.1.8
  ENZYME:3.1.3.12
  ENZYME:3.1.6.4
  ENZYME:3.1.6.6
  ENZYME:3.1.6.13
  ENZYME:3.1.6.14
  ENZYME:3.6.4.12
  ENZYME:3.10.1.1
  ENZYME:6.3.4.6

I to są właściwie wyniki tzn: takie enzymy, które nie posiadają znanej struktury przestrzennej.
« Ostatnia zmiana: Listopada 08, 2010, 07:42:05 wysłane przez Miroo » Zapisane

miro
annasz99
Gość
« Odpowiedz #7 : Listopada 08, 2010, 08:03:27 »

Bardzo dziękuję! Jesteś super  Duży uśmiech
Zapisane
Strony: [1]
  Drukuj  
 
Skocz do:  


SimplePortal 2.3.1 © 2008-2009, SimplePortal