Strony: [1]
  Drukuj  
Autor Wątek: analiza sieci interakcji białek  (Przeczytany 1262 razy)
maciosz
Administrator
Hero Member
*****
Wiadomości: 724


5564019
Zobacz profil Email
« : Marca 02, 2015, 11:26:19 »

Mamy plik z macierzą sąsiedztwa opisującą graf ilustrujący interakcje białek u jakiegoś organizmu. Zadaniem użytkownika jest znalezienie białka o największym betweeness czy jakimśtam innym parametrze, który oczywiście się wyjaśni.

Rzucam pomysł i z miejsca zaklepuję.
« Ostatnia zmiana: Sierpnia 11, 2015, 11:56:19 wysłane przez maciosz » Zapisane

Chaos zawsze pokonuje porządek, gdyż jest lepiej zorganizowany.
Terry Pratchett
maciosz
Administrator
Hero Member
*****
Wiadomości: 724


5564019
Zobacz profil Email
« Odpowiedz #1 : Marca 24, 2015, 02:11:22 »

Bardzo istotną rolę u wszystkich organizmów pełnią #białka -  przenoszą różne substancje, przekazują sygnały, regulują wiele procesów, tworzą szkielet komórek etc. Wiele procesów wymaga tego, by zaszła jakaś interakcja między dwoma białkami - przykładowo: [tu chcę dać jakis prawdziwy przykład z przekazywaniem sygnału, tylko szukam czegoś w miarę prostego). Można narysować interakcje białkowe za pomocą grafu [tu będzie obrazek]: białka są wierzchołkami grafu; dwa białka są połączone, jeśli zaobserwowano między nimi interakcję. Analizowanie takich sieci wymaga częstego sięgania do matematyki, a konkretnie do teorii grafów.

Podczas analizowania sieci pożytecznym zagadnieniem jest znalezienie najważniejszych białek -  tj. takich, które zaangażowane są w jak najwięcej procesów, wchodzą w interakcje z wieloma białkami, a ich zniknięcie spowodowałoby pewnie śmierć komórki. Często stosuje się więc algorytmy wyliczające w różny sposób #centralność węzła w grafie. Jedną z miar centralności jest stopień wierzchołka -  jest to liczba krawędzi, jaka wychodzi z danego wierzchołka.

W załączonym pliku jest sieć interakcji białek z komórki człowieka (?) w następującym formacie: każda linia reprezentuje jedną krawędź i wygląda tak:: "[nazwa_białka] [nazwa_drugiego_białka]". Przykładowo, sieć interakcji przedstawioną na rysunku opisywałby następujący plik:
A B
A C
A D
B C
D E
(Zauważ, że nie ma różnicy, czy krawędź opisać "A B" czy "B A").

Twoim zadaniem jest pobrać załączony plik i znaleźć w nim białko o największym stopniu. (W powyższym przykładzie odpowiedź brzmiałaby: A).

___
# jeszcze szukam jakiejś ładnej sieci.
« Ostatnia zmiana: Marca 24, 2015, 02:13:43 wysłane przez maciosz » Zapisane

Chaos zawsze pokonuje porządek, gdyż jest lepiej zorganizowany.
Terry Pratchett
Strony: [1]
  Drukuj  
 
Skocz do:  


SimplePortal 2.3.1 © 2008-2009, SimplePortal